home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ Aminet 6 / Aminet 6 - June 1995.iso / Aminet / misc / sci / prosite.lha / Prosite / data / PDOC00434 < prev    next >
Encoding:
Text File  |  1995-03-04  |  5.5 KB  |  106 lines
  1. *****************************************************
  2. * Small cytokines (intercrine/chemokine) signatures *
  3. *****************************************************
  4.  
  5. Many low-molecular  weight  factors  secreted  by cells including fibroblasts,
  6. macrophages and  endothelial cells,  in  response  to  a  variety  of  stimuli
  7. such as  growth factors,  interferons,  viral  transformation   and  bacterial
  8. products, are structurally related [1,2,3].  Most  members  of this  family of
  9. proteins seem to have mitogenic, chemotactic or inflammatory activities. These
  10. small cytokines are also  called intercrines or chemokines.  They are cationic
  11. proteins of 70 to 100  amino  acid residues that share four conserved cysteine
  12. residues involved in  two disulfide bonds, as shown in the following schematic
  13. representation:
  14.  
  15.                              +------------------------------------+
  16.                              |                                    |
  17.      xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxCxCxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxCxxxxxxxxxxxxCxxxxx
  18.                            |                         |
  19.                            +-------------------------+
  20.  
  21. 'C': conserved cysteine involved in a disulfide bond.
  22.  
  23. These proteins can be  sorted into two  groups based on the spacing of the two
  24. amino-terminal cysteines.  In the first group, the two cysteines are separated
  25. by a  single  residue  (C-x-C),  while  in the second group, they are adjacent
  26. (C-C).
  27.  
  28. The 'C-x-C' group is currently known to consist of the following proteins:
  29.  
  30.  - Platelet factor 4 (PF4), a protein released from platelet alpha-granules as
  31.    a complex with a proteoglycan molecule.   PF4 neutralizes the anticoagulant
  32.    effect of heparin because  it  binds  more strongly  to heparin than to the
  33.    chondroitin-4-sulfate chains  of  the  carrier molecule. PF4 is chemotactic
  34.    for neutrophils and monocytes.
  35.  - Platelet basic protein (PBP), which is the precursor of two active peptides:
  36.    connective-tissue  activating  peptide III (CTAP III)   (also known as low-
  37.    affinity platelet factor IV (LA-PF4)) and beta-thromboglobulin. CTAP-III is
  38.    a growth  factor  that  stimulates a  variety  of  specific  metabolic  and
  39.    cellular activities.
  40.  - Interleukin-8 (IL-8), a monokine  which is  released  from monocytes  by an
  41.    inflammatory response and which is selectively chemotactic for neutrophils.
  42.    IL-8 is  also  known  as  Monocyte-Derived  Neutrophil  Chemotactic  Factor
  43.    (MDNCF), or as Neutrophil Activating Protein 1 (NAP-1).
  44.  - Melanoma growth stimulatory activity protein (MGSA), a  growth  factor with
  45.    potent mitogenic activity.  MGSA  is also  known  as  Neutrophil Activating
  46.    Protein 3  (NAP-3)  or  as 'gro', as KC or N51 in mouse and as CICN in rat.
  47.  - Macrophage inflammatory protein 2 (MIP-2), an extremely potent  chemotactic
  48.    agent for polymorphonuclear leukocytes.
  49.  - Mouse Mig (m119), a gamma-interferon induced protein that may be a cytokine
  50.    affecting the   growth,   movement   or  activation  state  of  cells  that
  51.    participate in immune and inflammatory response.
  52.  - Chicken 9E3 (or pCEF-4), a protein expressed constitutively in Rous Sarcoma
  53.    virus (RSV)  infected  cells  and  which  may  be  an autocrine factor that
  54.    promotes the growth of fibroblasts.
  55.  - Pig alveolar macrophage chemotactic factors I and I (AMCF-I and -II).
  56.  - IP10, a gamma-interferon induced protein.
  57.  
  58. The 'C-C' group is currently known to consist of the following proteins:
  59.  
  60.  - Monocyte chemotactic protein 1 (MCP-1).  MCP-1  is  a  chemoattractant  for
  61.    monocytes  which  also increases their anti-tumor activity.   MCP-1 is also
  62.    known as monocyte chemotactic  and  activating  factor  (MCAF) or  as JE in
  63.    rodents.
  64.  - Monocyte chemotactic protein 2 (MCP-2).
  65.  - Monocyte chemotactic protein 3 (MCP-3).
  66.  - Macrophage inflammatory  protein 1  alpha  (MIP-1-alpha), a  monokine  with
  67.    inflammatory and chemokinetic properties. MIP-1-alpha is also known as SIS-
  68.    alpha, TY-5 or L2G25B and, in Human, as PAT 464.1 or GOS19-1.
  69.  - Macrophage inflammatory protein 1 beta  (MIP-1-beta). Also  known  as  SIS-
  70.    gamma, H400 and, in Human, as ACT-2 or PAT 744.
  71.  - LD78 beta (also known as PAT 464.2 or GOS19-2).
  72.  - SIS-delta (also known as RANTES).
  73.  - SIS-epsilon (p500).
  74.  - Guinea pig eotaxin, a chemotactic protein that promotes the accumulation of
  75.    eosinophils.
  76.  - I-309 (also known, in mouse, as TCA3), a  cytokine that is  chemotactic for
  77.    monocytes but not for neutrophils.
  78.  - Mouse protein C10.
  79.  - Mouse protein Marc/FIC.
  80.  
  81. For each of the two groups of proteins, we  have developed a signature pattern
  82. spanning the region that includes the four conserved cysteines.
  83.  
  84. -Consensus pattern: C-x-C-[LIVM]-x(5,6)-[LIVMFY]-x(2)-[RK]-x-[LIVM]-x(2)-
  85.                     [LIVM]-x(5)-[SAG]-x(2)-C-x(3)-[EQ]-[LIVM](2)-x(9,10)-C-L-
  86.                     [DN]
  87.                     [The four C's are involved in disulfide bonds]
  88. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL C-x-C.
  89. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  90.  
  91. -Consensus pattern: C-C-[LIVMFY]-x(5,6)-[LIVM]-x(4)-[LIVMF]-x(2)-Y-x(2,3)-
  92.                     [GSTN](2)-x(1,2)-C-x(3,4)-[SAG]-[LIVM](2)-F-x(5)-[RKTM]-
  93.                     x(2)-C
  94.                     [The four C's are involved in disulfide bonds]
  95. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL C-C.
  96. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  97.  
  98. -Last update: June 1994 / Text revised.
  99.  
  100. [ 1] Oppenheim J.J., Zachariae C.O.C., Mukaida N., Matsushima K.
  101.      Annu. Rev. Immunol. 9:617-68(1991).
  102. [ 2] Stoeckle M.Y., Barker K.A.
  103.      New Biol. 2:313-323(1990).
  104. [ 3] Wolpe S.D., Cerami A.
  105.      FASEB J. 3:2565-2573(1989).
  106.